あいさん，こんにちは！
ご質問の内容を取り違えているかもしれませんが，JR北海道管内の函館に行ったついでに北海道ペアきっぷを購入しようという趣旨ですね？
北海道ペアきっぷは私も利用したことがありますが，大人2名が同一行程をとって，北海道内のJR＋海峡線中小国まで及びJR北海道バスを利用できるおとくなきっぷです．有効期間は7日間です．
有効区間内の特急，急行，快速列車の指定席（グリーン車用は，グリーン車とB寝台も可）を利用できます．普通車用 43,220円，グリーン車用 63,200円です．
乗車予定日は指定して発売し，利用者名も発売個所の係員が2名分記入します．列車の指定は乗車前（旅行開始後でもよい）に受けてください．
本州内からの寝台特急を利用する場合は，乗車券部分のみ有効となりますので，例えば北斗星特急券・寝台券＋上野−中小国の乗車券を別途購入すれば，通しで乗車できます．
ところで，わざわざ北海道内で買わなくても，JR東日本・JR四国・JR九州でも発売しています．もちろん，JR北海道プラザ東京駅でも購入できます．

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